OS X incorpora un sottosistema basato su un sistema operativo in stile UNIX che utilizza i privilegi nel file system. A ogni documento e cartella sul disco rigido è associato un insieme di privilegi che definisce gli utenti autorizzati a leggere, sovrascrivere o eseguire il documento o la cartella.
Molte delle applicazioni che installate in OS X provengono da files package (.pkg files). Ogni volta che si installa qualcosa da un package, un file "Elenco del Contenuto" (file .bom) è immagazzinato in una cartella del Sistema o in un file di ricevuta (.pkg). Ognuno di quei file .bom contiene una lista dei files installati da quel package, e gli specifici permessi per ogni file. Quando si usa OnyX per verificare e riparare i permessi disco, egli compara ogni file .bom e compara la lista in esso contenuta con gli attuali permessi di ogni file elencato. Se i permessi sono diversi, OnyX corregge le differenze. Se rimuovete le ricevute o i files .bom dalla cartella /Libreria/Receipts/, i files installati dai packages non potranno essere né verificati né riparati. Ecco perché non dovreste mai cancellare niente dalla cartella dalla cartella /Libreria/Receipts/.
Riparazione permessi è la prima cosa da fare non appena si notano problemi all'apertura delle applicazioni, problemi di accesso ai file, o il computer sembra essere insolitamente lento.
Le ACL (Access Control Lists) sono un ulteriore metodo per concedere autorizzazioni specifiche a determinati utenti. Le regole convenzionali per i diritti di accesso sono ancora valide, ma è possibile aggiungerne nuove. Si tratta di un elenco di diritti individuali che possono essere collegati a un file o una cartella, e si applicano solo alla propria cartella principale (Inizio) e il suo contenuto.
Riparare le ACL possono risolvere i conflitti ereditati dall'installazione di un precedente sistema (Mac OS X 10.5 o 10.6), come ad esempio quando il Finder chiede sempre la password quando si tenta di eliminare, spostare o copiare un file.
Nota: Per ripristinare l'ACL di altri utenti che hanno questi problemi, andare alle preferenze OnyX, selezionare la scheda Comportamento, e selezionare l'opzione "Tutti gli account".